院长（主任）：黄远林(博士，教授，硕士生导师，平陆运河绿色工程专家，广西壮族自治区第十三届、十四届人大代表、资源与环境保护委员会委员，钦州市第三、四、五届人大代表、钦州市第六界政协常委，广西无人机技术应用协会副会长)

主持学院（培训中心、船员培训中心）全面工作，主管培训工作（社会培训、教师培训、职业技能培训与鉴定、研学、无人机培训等）。

分管科室：继续教育科（培训科）、办公室、职业技能鉴定所。

副院长：封彬贤

负责后勤保障（包括国际交流中心餐厅、客房的管理等）、资产管理工作。

分管科室：国际交流中心。

副院长（副主任）：甘兆斌

负责船员培训、实验室管理工作。

分管科室：水上训练中心。

院长助理（副处级）：陈业启

负责学历教育（成高、自考）工作。

分管科室：学历教育科。